根据异地税局的相关规定，安排分公司开票，款项应该先收到分公司，再发给总公司。一般情况下，账款会先被收到户口，当开票后，发票会被发到分公司；税务机关会对票据进行审核，以确认价款是否拿出，以及税款及统计进项，税费的应纳税形式；审定后，合同款项被收到分公司，再汇至总部，用于抵消应付款。拓展知识：尽管分公司可以开具发票，但有时分公司仍然没有实际支付款项，那么可以采用总公司支付款项，分公司开具发票的方式，这样可以实现金钱流动的流畅。