如果老板减少了一些奖金，导致实发工资与个税申报系统不一致，最好的解决方法是马上把九月份的工资表重新申报个税系统。首先，要通知老板，告知他九月份的工资表出现了修改，要求重新申报个税系统；其次，应检查九月份全月个人应纳税所得额是否出现了变动，如果出现任何变动，要重新计算九月份的个人所得税；同时，要及时将九月份的实际工资表上传到个税系统；最后，要重新统计个人在九月份的税后工资，及时与实际发放的工资比较，以纠正实际发放的工资。 拓展知识：上传个税系统的操作要点有：1. 选择上传的文件格式，要求是由有效的文件格式，可以上传格式为txt,xls,xlsx,csv等；2. 确认上传文件的内容，要求填写完整无误，缺少或不准确的信息将会影响个人所得税的计算；3. 上传后需要确认提交，以确保数据上传到有效的个税系统中。