是的，股东出资的一百万元应存入公司账户。一般来说，股东出资的款项是作为公司的资本金，要存入账户以供公司日常经营使用。此外，存入公司账户，也能够将股东的出资证明、鉴定，以及结合账本信息和相关记账凭证反映到公司财务报表中，从而真实反映出股东出资情况，达到财务公平，保护股东权益的目的。在实际操作中，公司应该在股东出资后，立即将资金存入公司账户，以记录资金的流向及把控资金的使用。 除此之外，对于企业而言，还可以通过资金调控来优化资金结构，降低资金成本、提高资金使用效率，增强企业的财务竞争力。因此，在运用公司账户上，还可以按照资金的实际需求，实行有效的资金调控，完善公司资金管理体系，以实现资金流动的高效利用。