小规模纳税人应交的税费主要有增值税，增值税按照税率为3%或6%收取。三级科目并不是必填项，但建议填写，以便于更准确地确认购买原材料、生产运输费用及其他有关费用，更好地了解企业的税务情况，以及报销时能更全面地反映支出情况。增值税三级科目主要有一般纳税人进项大项、一般纳税人销项大项、抵扣项目三项，由此了解到进销项的细节，完善税收管理。 此外，小规模纳税人也要交纳营业税和个人所得税，这也是增值税三级科目之外的重要税收负担。营业税的税务管理要求小规模纳税人每月报税，而个人所得税则是一次性申报，凭借营业执照及合法营业收入来计缴个人所得税。