在公司9月份给客户开票结算，成本已结转的情况下，客户发现给的结算单是错误的，可以通过以下步骤进行会计处理。 1.首先，为了确保公司利益，应马上对双方进行核实，尽快确定误差发生的原因，并记录双方纠正误差的协议。 2.经核实确认误差原因，应做出结算方案，包括重新开票，还原结转成本等，并详细记录操作过程以及结果。 3.根据结算方案，先进行收款的冲销。如果收款的金额大于重新开票的金额，应根据已冲销的金额凭证记录和发票记录，通过银行收款结转，进行冲借方凭证记录。 4.再退还给客户重新开票的差额，根据发票记录及结算方案记录做出凭证，并由相关部门审核。 5.最后检查账务的合法性，确认是否做到发票的一致性，以确保财务的合理性。 对此，可以采取内部审计的管理方式，定期对账务进行审查，以确保财务信息的真实性及准确性。另外，实施集中管理及全面账务核算，及时发现发票记录不一致等问题，及时处理，以避免财务上的不规范和错误。