公司股东退出盈亏的清算，主要包括以下几个方面： 第一，确定股东退出的股权转让权及退出股权的价格。根据股东双方的意愿与协商，确定股东退出的股权转让权及退出股权价格，需要充分表达双方的意愿，并签署相关文件以明确股权转让和价格，使股权安全并具有法律效应。 第二，股东退出后，剩余股东之间要进行补偿。根据股东双方的意愿，应当事先确定补偿的价格，价格可以当时公司估值的价格为依据，也可以针对具体情况单独约定价格。 第三，根据《公司法》、《公司章程》，遵照股东会、董事会或者公司管理机构的决议确定退出股东的权利，同时确定剩余股东的权利和义务。 第四，公司股东退出过程中，双方可以签署投资者保证书，当一方违反了协议或有损坏行为，另一方将有合法权利对对方提起诉讼。在投资者保证书中要向双方说明清楚，以便在可能发生的矛盾冲突中能有效预防损失。 以上就是公司股东退出盈亏的清算的基本步骤，此外在股东退出的过程中，允许股东之间签订保密协议，以保护彼此投资者利益。如果公司法律框架之外，投资者可以签订投资协议以确保公司及股东的利益，并提供交易双方纠纷解决的有效途径。