在这种情况下，法人应该按照个人收入总额来计算应纳税额，即将两部分收入总计4000+5000，首先，凡是收入满5000元以上的，免征额也就是免税额已经被抹去，所以首先要算出税率，即收入9000元需要缴税的金额，收入9000-5000=4000元，应纳税额就是根据个人收入税率表，应补税金额 = (9000-5000)*30%-应税所得额*税率=375元。 此外，从税务的角度来说，法人在两个单位做工资的情况也要求法人按照一定的规定进行申报，如在离开处缴纳个人所得税，保持税务正确性，以及向税务机关报送申报书，避免因信息滞后而增加滞后缴纳税款的风险。