这种情况下，很可能由于物流公司在发票上开出了过高的底税，而使得进项只有40多万。这也有可能是由于物流公司忽略了底税和进项之间的正常比例，以及在税务管理上缺乏监督，造成了一个不利的局面。 为了解决上述的问题，有几点可以做：第一，物流公司应该完善内部的发票登记制度，对底税和进项有严格的控制，限制发票的增减；第二，要加强税务的监管，实施发票核查系统，保证发票的真实有效；第三，有效的纳税服务制度，提供具体的指导意见，方便企业完善发票登记制度。 拓展知识： 发票登记是纳税人确认应税事项，加强发票登记也是税收征管的重要工作之一。发票登记有助于准确报送企业收入、增值税销项税额等数据，可以有效控制发票作假，减少税收逃废。因此，各企业要加强发票登记制度，确保发票的真实有效，以避免发生税收纠纷。