是的，纸质的通行费发票可以抵扣进项税。根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，企业可以将支付的通行费发票抵扣进项税。企业可以收购类似的发票来抵扣进项税，该发票必须由国家认可的机构开具，并且可以清楚地确定该发票与税务机构有关。此外，发票必须具有正确的费用项目，并且费用应是实际发生的。而且，企业应按照规定的期限将这些发票登记在《进项税额抵扣凭证》栏中。 拓展知识： 不仅通行费发票可以抵扣进项税，而且其他发票也可以抵扣，如燃油税发票，增值税专用发票和税务机关开具的税费凭证等等。此外，还可以通过采购货物或收购劳务而产生的发票作为抵扣进项税的费用凭证。