是可以分别申报的，运输合同是当事人因运输标的物而签订的权利义务关系；买卖合同则是当事人因购买和出售标的物而签订的权利义务关系。另外，运输合同可以独立申报，不影响买卖合同的申报，但买卖合同不能独立申报，运输合同作为买卖合同的补充内容，仍需收录在买卖合同中。拓展知识：在国内，与合同申报有关的法律法规有《合同法》、《民商法通则》、《民法总则》等，这些法律法规对申报的合同类型、合同的内容、申报的规范等都作出了相应的规定与要求。