重庆个人独资企业的个人所得税工资薪金所得可以通过“税务总局网上申报支付系统”进行申报，步骤如下： 1、打开“税务总局网上申报支付系统”，注册实名认证； 2、申报月报，进行网上申报； 3、支付税款，可以选择在线支付或现金支付； 4、企业申报确认，可以查看税务机关的查验结果。 拓展知识：各地国家税务局都有自己的网上申报平台，不同地方的系统平台的功能和操作使用方式略有差异，建议大家务必先仔细阅读使用说明，掌握熟悉后再进行网上申报支付，以免出现误操作造成不必要的损失。