答：是的，深圳公司申报员工工资也使用自然人扣缴端。自然人扣缴端是一种信息采集系统，主要用于收集和处理企业向员工支付的薪酬，并根据政府规定的工资支付标准，对自然人纳税进行扣缴。自然人扣缴端包括多个系统组件，包括网上结算系统、交易安全中心系统、计算机接口系统、数据库系统等。运用先进的技术和完善的安全机制，可以有效地保障企业和职工的税收扣缴秩序。 拓展知识： 自然人扣缴端和企业扣缴端的区别：企业扣缴端主要是为企业提供多种税务服务，包括对企业缴纳税款、报送纳税申报表、查询税款发放状态、查询企业税收信息等；而自然人扣缴端则主要针对个人财务信息，主要工作是对员工的工资收入进行税收的申报扣缴，涉及到收入扣除、减免税等。