在办理税务登记时，对于注册的分公司，是需要要求独立核算的。因为分公司向当地税务机关申报的税费，是独立进行核算和缴纳的，不会影响到总公司的税务登记情况。根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施细则，企业法人设立分公司或其他机构，应当依据税务机关的规定，将其分支机构登记在税务机六局。对于每一个分公司，要求其独立核算，即独立核算财务账户、缴纳税费、申报所得税，但总公司可以根据实际收支情况来合理的重分分公司的税款。另外，总公司还要对分公司进行有效的监控，定期收集分支机构的财务报表，审核核对数据，确保其财务报表的准确性和真实性。