增值税电子普通发票多开了两份作废掉，可以通过“发票管理系统”来轻松实现，并由发票发行机构完成作废处理。首先，发票发行机构将需要作废的发票信息，根据（金税盘）软件系统要求，将“票据代码”“发票号码”“作废原因”等基本信息录入系统。之后，发票发行机构联合金税盘可以实现发票原发行抬头的作废撤销，撤销成功之后，发票已经作废。 发票作废是对发票发行机构的严格管理，可以有效的防止发票重复使用，避免增值税负担的滥用，保护税务机关的发票管理秩序。由于发票作废是一个重要程序，因此需要发票发行机构仔细核实发票信息，采取一定的安全措施，确保发票在作废的过程中没有遭受损失。 另外，一旦发票被作废，就不能再使用，所有的发票记录系统中都将被认定为作废。发票作废的记录也会留存在发票发行机构的服务器中，可以通过记录作废原因和发票信息查询权限来核实，以确保发票发行安全有效。 以上就是关于增值税电子普通发票多开两份作废的操作方法。为了更好地保护政府税收权利，同时也要加强发票发行机构对发票信息的管理，严格履行税务机关的规定，从而达到消除虚开发票的目的。