在公司与对方达成合同纠纷，并经过法院判决后，如果对方不给开具发票的话，那么，我们可以在支付款项前，向对方要求其出具相应的发票，以证明对方已收到了相应的款项，以便满足相关税务等法律法规要求。在发票不全的情况下，也可以对对方提出书面的确认，或者其他证明款项已经支付的相关证明文件，以防止以后财务等可能引起的相关纠纷。此外，支付款项时，应遵守当地税务部门规定的定额纳税，并正确填写相关税务申报表，以防止未来被税务部门查账，令公司面临损失。