小规模纳税人农业公司开专票需要上税。根据国家税收法律规定，小规模纳税人开具专用发票，即以实际收取的税费的额度计算税费，以统一的税率实施征收。在这种情况下，农业公司开具专用发票时应向税务机关申报税费，并按照有关规定办理缴税手续。 拓展：另外，小规模纳税人要完善内部管理制度，并做好发票管理和发票使用的自查，避免发生发票作废、发票失窃或发票冲红等情况，有效减少纳税风险，以免造成重大损失。