是的，如果对方打款附言是保证金，那么可以在往来款中入账。在企业会计系统中，保证金是指一种为了确保企业按照合同约定完成承诺而收取的一种款项，属于企业资金的一种形式，可以采取抵扣的或者另外结算的形式处理，资金的归集可以在往来款中入账，把这笔资金入往来款，但是要在往来款中标明“保证金，结算”的说明，以便于在进行报表的时候能够清楚地分辨出来。 另外，在入账保证金时，要结合具体约定及业务逻辑进行记账，具体分类归属应该如何处理要结合约定的内容而定，归属销售收入类还是关联类、费用类、贷方往来款类等，要根据保证金的来源及用途进行分析判断。