是的，专利代理费一般支付给专利事务所，开发票的是国家知识产权局。这是正常的，因为知识产权局是专利代理机构认定的经办机构，具有合法的发票权和财务账单权。 申请人通过知识产权局审核、分发服务，专利事务所和申请人双方签订协议履行义务，申请人支付专利代理费给专利事务所，专利事务所负责发票，知识产权局开具发票，发票由专利事务所转交给申请人，国家知识产权局收费人为专利行政审批机构。 在专利代理费中，有一部分是由专利事务所收取的，也就是说，专利事务所代表客户申请专利，经过国家知识产权局审核后，对客户的申请收取代理费，该部分费用由国家知识产权局开具发票，以便专利事务所和客户正常结算。 因此，客户支付的专利代理费开具的发票由国家知识产权局开具，这是正常的，没有任何问题。