针对小规模公司6月底代开了两次33增票，一次内容开错当月作废，一次因甲方更换合同主体，跨月红冲的情况，首先要明确的是，小规模公司发起的票，是根据《增值税收入管理办法》的相关规定，发起的33号增值税专用发票。此类发票，实际上是一种凭证，需要有相关的付款银行流水才能证明具体的销售收入。 1. 增值税的处理：针对银行流水只扣了一次增值税的情况，根据税法规定，当月购进的发票要计入当期应纳税额，因此当月银行流水扣税只能算是代开发票扣税，不能算作最终的含税销售收入，否则，该扣税也要按照实际的销售情况，再次进行税务处理。 2. 红冲发票的处理：由于小规模公司6月底代开的一次33增票因甲方更换合同主体，跨月红冲，此类发票，要按照《增值税发票管理办法》的相关规定进行记账处理，应当对原发票作废，再开具换票，对应原减税票据作失效处理，红冲发票要求税务机关及申报表中相应填写。 拓展知识：上述处理的基础是根据《增值税法》及《增值税收入管理办法》的相关规定，发票的认定及实际的税务处理，都具有一定的法律效力。