首先，一个公司有两个股东要退出时，应首先确定其离职原因，就是想要清楚是什么原因使得股东决定离开，这有助于更好地处理股东离职事宜；其次，要明确双方离职的具体条件，包括离职的时间、股份的处置方式等等，以确保双方的利益；最后，对于股东离职后所形成的公司结构变更，要进行相应调整，完成组织机构、权利义务等各项处置工作。拓展知识：一般而言，公司发生股东离职时，应在公司章程中明确有关规定以及双方的权利和义务，这将为股东离职及其后续的经营活动提供基础性保障。