如果五月份申请的留抵退税，被税款在六月份收到，那么可以按照以下步骤办理： 1、先在五月份及后续月度申报，以及六月份报送税收收入，报送本月申请留抵退税的有关资料及材料。 2、在六月份做好六月份的税款申报，同时在留抵项目中写明五月份申请的留抵退税情况。 3、根据有关规定，在收到有关部门的税务通知后，再做好退还税款的工作。 拓展知识：申报留抵退税时，应充分准备和提供有关证明本月有税收征收，及有关税收减免额及扣除额应计 入本月税费支出所需的资料及材料，以保证报税申报的准确性和合理性。