土方工程应缴纳的税种有：1. 增值税。增值税是指在货物或服务生产、流通和消费过程中，因发生增值而产生的税收的总称，土方工程企业在建设过程中，除了收取工程项目总价外，还要缴纳增值税；2. 施工税。根据《中华人民共和国税收征收管理法》，施工税是由施工企业根据实际收取的施工费按照税率缴纳给政府的税种，以土方工程为例，施工企业应将工程实际金额缴纳作为施工税；3. 房产税。根据《中华人民共和国房产税法》，在新建、扩建、改建、拆迁的建设工程中，其耕地、城建费、建筑安装工程、拆迁补偿费等以相关文件确定的价款，应由建筑工程企业按照房产税法的规定，缴纳房产税。 拓展知识：税种不仅仅有上述三种，还有营业税、个人所得税等，各类型税收均起到了税收征管的作用，从而有效防止侵占公库，保护公众利益。