车辆保险发票金额不等于付款金额应该由发票持有人（一般为被保险人或投保人）核实后进行处理。当发票持有人发现发票金额与实际付款金额不符时，可以向车险公司要求补开新的发票。补开发票前首先要核实车辆保险发票中内容和备注是否与投保单一致。如果发现核实内容与投保单不一致，需要提出解释，完成修改后方可才能申请补开发票。补开发票后，需要将正确的发票邮寄给车险公司，客户可以向车险公司服务部门索取补开发票的进度。 拓展知识：车险保单发票是投保主体的财产权证明书，发票持有人应当妥善保管，定期核实发票内容，以防止发票丢失或被篡改。付款前，投保人应该核实车辆保险发票内容，如果发现发票金额与实际付款金额不符，应及时与当事公司联系，申请补开新的发票。