根据税法，发酵好的羊粪是可以免税的，因为该产品不属于被税货物，也属于免税产品。但是，若是用发酵后的羊粪用于生产其他有价产品，则应该缴纳税款。所以，当公司将发酵好的羊粪用于生产有机肥时，应该缴纳税款。此外，可以通过提供有关发票，并仔细审查公司的财务报表，以便进行税收管理。 拓展知识：羊粪的发酵是一种重要的技术，它可以有效利用禽畜粪便作为价值较高的有机肥料。发酵使粪便中的有害物质，例如病毒、细菌及有害营养素降解，改善粪便的质量。经过这种技术处理，羊粪可以降低有害物质，增加有益营养元素，作为绿色、可持续发展的农业生产，奠定基础。