一般来说，纳税人收到小规模公司开具的免税农产品发票可以用于抵扣税款。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，发票内容应真实、准确，开具发票时应符合税收管理规定，收到发票及其它税收凭证的纳税人可以根据税收管理的规定以发票的价款减免企业所得税。 此外，根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，小规模公司发出的发票，当月不超过2万元的，可以免征专用发票；当月金额超过2万元的，可以申报当月发出的发票金额，由税务机关受理审核，发放普通发票。发普通发票完成登记后，纳税人可以通过把发票上的货款抵扣税款。 因此，纳税人收到小规模公司开具的免税农产品发票可以用于抵扣税款，但是需要按照规定登记审核，才能够有效抵扣税款。拓展知识：纳税义务人准备好税务凭证后，应当主动、及时到税务机关缴纳税款，一旦拖延缴纳，将按照《中华人民共和国税收征收管理法》的规定收取滞纳金。