进项发票多勾选了、增值税已经申报，应当及时处理。首先，要清楚抵扣当期发票是属于哪一种，例如是否属于抵扣进项税额，是否抵扣税前收入；其次，根据企业纳税义务的具体状况，决定是否要退回进项发票，或将其申报税款计算期内转至下期申报；再次，根据企业纳税义务的实际情况，进行调整，进行确认和修改，录入记账；最后交纳税款，完成税务申报。拓展知识：税收减免政策是指政府为促进经济发展而采取的有限度减免纳税义务的政策。其主要形式有减税、免税、征税免征、减免税费等。