如果老板几家公司都请了同一家代账，费用都已经付了，对方发票是可以分开开还是可以选在一家公司上开的，一般而言，是可以分开开的，对方发票的开具可以根据客户的要求开具，只需在进行发票开具时，将每家公司的具体金额和税款明细分别填写好即可，当然也可以将几家公司的发票合并到一张上面开具发票，也可以自行选择。 拓展知识：发票是税务部门根据具体收入，按照国家的税收规定的的费用开具的，总体来说，根据企业的收入可以分为增值税发票和普通发票，增值税发票会根据企业传统产品销售时给消费者开具，普通发票是根据企业服务类和其他类的收入开具给客户的。