根据《企业所得税暂行条例》第十九条第四款规定，企业发生被盗等意外损失，按照税务机关认可的费用进行会计核算，可以以费用形式扣除，并可以在本年度或者次年度合理分摊。 因此，对于2020年6月寄存于某仓库的实际成本为20万元，已抵扣进项税额2.6万元的生产用材料被盗的情况，企业财务人员在进行税务处理时，可以将赔款5万元和保险公司的理赔3万元在本年度或者次年度合理分摊，以减少企业的税负。 拓展知识：税务机关规定，企业发生意外损失时，出口交易企业可以减储，跨境经营企业可以减免，其他企业可以以费用形式扣除，以减少企业税负。