有关跨公司往来余额清理的解决思路，主要可分为以下三个方面： 1、以账务总账为基础，结合系统报表和结算支付组织相关分析，分析来源、性质、流向，找出发生余额往来的原因，找出可核销余额的金额明细，再把这些明细转换成可结算的内容，确保账务期末相应的会计账目的平衡性。 2、在账务数据多及复杂的情况下，可以采用金蝶等财务技术软件进行处理，实现账务余额的核销，解决可核销的余额的问题，提高余额的清理效率。 3、尝试利用账务调整来清除余额，把余额转移到新增加的科目上去，然后对新科目进行相应的处理，使之账务平衡，以免影响期末核算结果。 此外，在管理过程中，可以增强公司之间的协作，最大限度减少跨公司的余额往来，提高会计的工作效率。同时，建立有效的管理制度，定期审核，加强账务的监督管理，使账务真实可信。