确实，抵扣联发票应该单独装订成册，备查。这是因为，抵扣联发票是企业销项发票，主要用于证明企业进行了销售活动，以及由此产生的应税收入和应纳税款额，是企业自身必备的记帐凭证，是企业税务自查，和政府税务检查的重要依据。 另外，由于抵扣联发票是企业自身的财务凭证，和记账联发票内容不一样，应该单独装订，另行备查，以备检查。此外，如果企业与税务机关的税收计算有争议，企业需要凭借抵扣联发票来证明自己的交易情况及税收事实，以便向税务机关进行正当的申辩。因此，抵扣联发票必须单独装订成册，备查，以便随时使用。