处理这类款项的最佳办法是，确认已收到的普票是否已经开出发票，如果没有，可以通过提出开具补开发票的申请，确认详细开票信息，并尽快开具更正发票；如果收回了发票，只能给予客户终止协议，并给予客户减免的处理。此外，在做到处理款项的前提下，应注意保护好自己的利益，使已被支付的款项无法追回。拓展知识：追回欠款的方法包括，催收信函、仲裁、起诉及非诉讼等方式。