分公司所得税不能选择跨省总机构行政规划的原因，主要是由于中国的税收制度是分行政区域征税，每个行政区域都有自己的税收法律和政策，因此每个省的税收情况都不尽相同，具体的征税规则也有一定的区别，纳税义务也非常明确，因此，如果采用跨省总机构行政规划，就会出现规则冲突，使得税务管理及核算变得复杂，实施负担较重。拓展知识：因此，分公司所得税一般采用本地征税政策，对于交叉省份的税收则采取联邦征税政策和相关的配套服务。