是的，小规模纳税人开具的专用发票需要缴纳税款。小规模纳税人主要是指根据《中华人民共和国税收法》的有关规定，具有一定规模的经营活动的企业、个人，但未达到全部纳税义务的企业、个人。小规模纳税人开具的专用发票，由国家税务部门统一颁发，在进行应税收入结算时，可以减免其纳税义务，从而实现免税或减税。此外，小规模纳税人开具的专用发票也可起到解决应税收入结算等问题的作用，具有税收减免和实现预缴税款的功能，有助于改善市场经济环境，提高市场流通效率。同时，小规模纳税人开具的专用发票也有助于群众生产活动的正常开展，维护消费者权益，增加消费者信用，促进商品流通和改善财政收入，具有重要的经济作用。因此，小规模纳税人开具的专用发票虽然要交纳税款，但它也为小规模纳税人提供了实实在在的税收优惠。拓展知识：小规模纳税人开具的专用发票可以申请增值税准予抵扣，免税比例一般为5%，根据纳税义务的大小可以分为2种：一种是可以抵扣的增值税，另一种是不能抵扣的增值税，企业可以根据自身情况，选择最合适的模式来支付增值税。