查证上游进项的真实性的方法有以下几种： 一、核查发票复核单的真实性： 1、根据发票复核单上的货物、数量、单价及金额进行核实，以及对账单和发票的对比； 2、检查发票的详细内容和合法性，如发票代码、发票号码、税收分类等； 3、根据上游企业的开票信息和发票作废情况，以及货物和服务是否真实准确，核查发票信息真实性。 二、查考税务登记证： 1、可以查询上游企业的税务登记证，以确认其税务登记信息是否真实； 2、可以从税务登记证上获取上游企业的税收分类、登记地址、注册资金等发票复核单所需的信息。 三、查证增值税发票复核单的完整性： 1、检查复核单上的发票是否完整，以确保发票复核单上的发票是有效发票； 2、检查发票复核单上的多种税收是否正确，以及复核单上的折扣是否属实。 四、检查相关账户的真实性： 1、根据发票复核单上的账号信息，查阅相关金融机构的账户信息，以核实其账户是否真实有效； 2、查阅金融机构的银行流水，以确认上游企业的账户是否真实有效。 拓展知识：另外，为了更加有效的查证上游进项的真实性，可以利用金融机构的风险分析系统来验证发票复核单上的发票是否有效。风险分析系统可以自动扫描发票复核单上的发票，从而快速准确地验证发票的有效性。