公司未申报的房产税和城镇土地税可以通过以下三种方式来处理： 1、减免房产税和城镇土地税：据国家税务总局实施的税收减免政策，未申报的房产税和城镇土地税可以申请减免豁免。 2、补缴房产税和城镇土地税：未申报的房产税和城镇土地税可以依据税收行政处罚法另行缴纳。 3、通过法律诉讼的方式收回房产税和城镇土地税：通过法律诉讼的方式，收回未申报的房产税和城镇土地税。 拓展知识： 除上述三种处理方式外，公司也可以依据所在国家当地的税收有关法律规定，根据当地政府规定或中央政府规定，未申报的房产税和城镇土地税也可以免征或减免，以偿还税款。