根据《增值税暂行条例》，企业应纳税额合计超过税务机关核定的本期免税额的，应减去本期免税额，计算应纳税额，并缴纳相应税款。 在此情况下，应该按照《增值税暂行条例》规定，该企业应当缴纳本期增值税期末留底税款5万元，不缴纳增值税附加税。此外，按照《增值税暂行条例》规定，当期应纳税额与本期免税额的差值小于本期增值税期末留底税款时，系统复核后，应有退税额会变成0，所以上述情况下，应退税额被抹去，变成0元。 拓展知识： 《增值税暂行条例》规定，本期增值税期末留底税款是指，企业当期计算的应纳税额与免税额的差额，系统计算后报送给税务机关报扣税款，以此确保企业合理完缴纳税款。期末留底不可以抵扣下期应纳税额，也不可以上报行业专项附加税科目进行抵扣，需要企业本期完成缴纳。