小规模纳税人免征增值税的会计分录应该先在收入科目中减去营业税金及附加，然后录入主营业务收入，再在应交税费科目中将营业税金及附加录入。对应的借贷方向分别是：借方是收入科目，贷方是应交税费科目。 其他会计分录上的操作应该与正常的收入会计分录操作一致，例如，将主营业务收入分配到不同科目，将应付税费付出等。 拓展知识：小规模纳税人的营业税和消费税是单独征收的，在发票上可以看到两种税的额度；而在处理小规模纳税会计分录时，需要将两种税放在一起进行处理，但应交税费科目需要分两条进行录入。