是的，自然人代开发票需要代扣个税。根据国家规定，自然人开具发票，必须代扣个税，个人所得税将作为发票开具人的税收筹划手段，将纳入政府税收中。根据《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》的规定，自然人开具的发票，应当按照国家规定的税率代扣个人所得税，并交纳至国家税务统一管理的税收征收专户。此外，自然人发票金额还应当纳入消费者保障法，即不得超过本市规定的最高价格。拓展知识：个人所得税是财政部根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例、财政部关于实行收入分类征税制度通则等税法规定，对境内有固定住所或者居住地，在国内从事生产经营活动，或者从事其他任何活动取得的收入，依法缴纳的一种税。