这种情况下，应该是子公司入账，母公司垫付的款项应该是子公司的用款。子公司若要入账，首先要验证加油发票是否属实，为了防止弄虚作假，应当征得母公司的同意，并签署公用车辆协议。其次，对于子公司的财务收支使用应当按照正规流程进行登记，并由母公司严格管理，以防止资金滥用。最后，子公司可以申请报销，而不是母公司申请报销，因为符合条件的报销只能由产生费用的公司申请。此外，为了维护双方的利益，定期检查也是必不可少的。