不可以。由于政府有关规定，运费由企业承担，不可以向客户索取，所以不能扣取货物的运费里面的钱来开具发票。而且，运输单位帮我们的货物弄丢了，运费也是由运输单位承担的，所以客户也不可以索取赔偿。 拓展知识：一般情况下，企业购买货物或服务时，费用可以开具发票，假如发生了货物或服务结算错误或丢失，企业应该与货运单位直接解决，不能扣取客户的费用并开具发票，否则可能导致企业受到政府主管部门行政处罚。