首先，对公司21年年研发费用加计扣除指标小于10000的问题，我们应该从两个方面来调查：一方面是公司针对21年的研发投入是否合理，这方面是报税人需要提供的关键材料；另一方面是公司21年的研发活动是否符合税务局的规定，这方面是税务机关需要进行调查的依据。 从公司的研发投入来看，针对21年的研发投入，我们应该分析投入金额是否合理、投入比例是否科学以及研发费用所体现的研发活动是否在同行业中处于领先水平等相关问题。针对这些问题，同时我们还应该考虑该公司研发活动的前期准备程序、实施过程、改进情况以及投入研发的资金完整性等。 同时，从税务机关的要求来看，研发费用加计扣除的条件是研发费用应当直接发生于研发活动，并且研发活动应当是营业成本的一部分，完成有经营性要求的研发项目。在现行法律法规中，报税人应当具备完整的研发费用凭证，并且报税人还需要拿出有效的证据来支持研发项目的合理性，才能保证研发费用得到有效的加计扣除。 总结起来，影响公司21年研发费用加计扣除指标的原因可以归纳为公司投入的合理性以及税务机关的规定要求，两个方面都是需要报税人提供足够的证据才能让其研发费用得到有效的加计扣除。 另外，在完成研发活动之后，也要关注研发活动的营收情况，也就是看看这些研发活动是否能够为公司带来收入，这也是税务机关可能会关注的一个条件。