不可以。货代运费的发票上的金额一般都是按照货代费用确认单上确认的金额进行开票的。如果发票上的金额少于货代费用确认单上确认的金额，则存在可能有外部费用未在发票上开票，比如仓储费、仓单费等，这样的情况有可能会给企业的开票及相关的报表带来问题，所以最好的方式就是由货代将费用全部合理开票，以避免发票费用不确定带来的问题。 拓展知识：货代运费开票，多数公司要求货代按约定的价格对货物进行运输，运费相关的发票属于购销合同范畴，所以要求发票的金额应该与货代费用确认单的金额一致，不得出现发票金额少于货代费用确认单上的金额。