垃圾清运费开票税率一般是3%。首先要明确的是，针对垃圾清运费的开票，属于应税劳务业务，因此应税收入的税率是3%。在税负的计算中，税收的发生额应包括税，实际发生的税负是采用3%的税率依法计算的。在实务处理中，如果垃圾清运费开具增值税专用发票，那么税负应按照3%的税率确认。 拓展知识：根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，单位及个人的收入应当按照法定的税率依法缴纳税款。在营业税、增值税和消费税的征管范围内，纳税人应当按照相关的税率缴纳所适用的税款。