很抱歉，你遇到的问题非常棘手，具体的处理方式取决于支付的发票是否还可追溯。如果发票还在，可以向分公司索取一份正式的原始发票；如果发票已经消失的话，两种常见的解决办法可供参考：一是只是可以让总公司凭借现有的凭证（比如网络付款凭证）开出一张新发票，来替换当时失踪的原发票；二是把3000元当作在无发票情况下发放的报销，凭收据审核并记录在案，然后发放销账凭证，以便于税务审核。最后，总之，具体如何处理取决于政策允许，有任何疑问，建议您可以咨询财务或税务人员，以便获得最佳的解决方案。 拓展知识：税收发票是按照税务管理的要求开具的税务管理凭证，由纳税人正确，真实，完整地记载交易信息，作为确认具有完整税务效力的凭证。