换一个公司登陆自然人个税扣缴系统，您需要按照正规程序进行操作：首先，您需要准备好更改公司经营者有效身份证件，以及纳税人识别号；其次，需要向税务机关提出更改登记资料的申请，也就是税务变更登记的申请，并提供上面的有效身份证件与纳税人识别号；最后，等待税务机关审核完毕并给出变更意见后，申请人就可以通过网络进行公司登陆自然人个税扣缴系统的更改。该系统的注册认证规则要求一个公司只能有一个有资质的登记证书，因此只能通过税务机关更改审核才能正常登陆。 另外，建议您可以增强对个人涉税事项的信息意识，加强对个税征管信息的获取，了解相关政策法规，准确履行政府的税收管理规定，以避免因个税信息未及时更新而导致的不良后果。