从农民合作社购进农产品，如果取得普通发票，进项税可以计算抵扣。根据企业所得税法实施条例，小规模纳税人可以抵扣税收，所以农民合作社普免税的发票也可以抵扣税收。此外，还可以使用差错抵扣和专项扣除，差错抵扣指的是纳税人在申报纳税的报表中确实存在误差的情况下，可以把差错金额作为抵扣计入损益，但计算办法受有关规定的限制，专项扣除主要是指税收居民凭有效证明可以在扣除税前获得扣除。支出项目必须符合具体条件，确保支出项目符合所提供的政策，以便抵扣税收。 拓展知识：如果想更高效的抵扣税收，比如采购税收专用发票等方式，以及使用发票管理系统可以更好地抵扣税收，以减少重新收发票和税收管理的负担。