支付工资扣除员工水电费的分录如下：借：应付职工薪酬；贷：管理费用—水电费、银行存款/现金。这种分录显示了当前因付出职工薪酬而扣除员工水电费的未付金额和实付金额，即记录了职工薪酬作为员工的支出，以及用来扣除水电费的实际付款，从而清楚地表明了该费用的实际来源和支出明细。 扣除员工水电费的分录，除了上述的主要分录以外，还可以进行其他的行政分录，如扣除员工水电费时，可以将所扣除的水电费金额分解为各种类别的水电费，如城市水电费、农村水电费、水电费等，根据每项费用的不同类别，进行不同的分录，记录不同类别费用的支出情况，以便进行严格的双重管控。