对于员工的个人所得税的处理，在该种情况下，应当根据《个人所得税法》的规定办理，依法缴纳个人所得税。由于6月工资税已经由A公司申报，但是由于计算漏了，需要重新计算，可先把计算漏了的部分款项由B公司从7月份的工资中划出，按照A公司所申报的个人所得税的税率和金额补缴当月的个人所得税；之后，B公司需要将此部分款项退回给员工，由员工自行与A公司协商账务的处理。由A公司根据实际情况，申报未缴的个人所得税，由税务机关审核并给予处理结果。 拓展知识：个人所得税法规定：企业职工及其他职业所得个人所得税，按月应纳税额不得低于月应纳税所得额的20%。根据扣缴义务人的工资总额，按照税率计算出应缴税款。根据中国税务总局的规定，个人所得税的定缴工期，由当月的税款所属月份决定。一般情况下，当月发放的工资收入未达到税款计算标准时，应在累计计算期内累计纳税。此外，个人应当按照规定，按月申报个人所得税，将应纳税所得额报送税务机关核定，并确定应缴税款。