是的，医疗器械经营许可证需要注销。根据《医疗器械管理条例》，医疗器械生产实体、经营实体被注销的，相应的医疗器械生产许可证、经营许可证均需注销。特别是，当该公司停止生产、经营医疗器械后，需要申请注销。注销程序主要为：1、当事人向其主管机构提出书面申请。2、主管机构根据实际情况，完成经营许可证的检查和审查，发放注销证书。3、申请注销的实体，需要负责将原有的经营许可证、其他相关证件一并退还主管机构。 拓展知识：医疗器械经营许可证是经国家药品监督管理局批准，具有一定法律效力的凭证，主要用于证明企业有权进行医疗器械经营活动，是企业营业执照的重要补充，也是进行医疗器械生产或经营活动的前提。申领经营许可证时，申请单位要向医疗器械监管部门提供资质材料，并缴纳相关费用，经审核批准后，方可签发证件。