关于员工申请备用金用于店铺运营的入账方式，首先要明确备用金的用处，一般店铺运营可分为两类，一类是做生意，一类是使用备用金购买货物，然后再销售出去。对于做生意的情况，备用金的报销是属于费用，应该在费用科目下登记；对于购买货物使用备用金，应该在存货科目下登记，报销时属于成本。 至于小规模纳税人增值税专票，根据《中华人民共和国增值税改革实施条例》的规定，小规模纳税人增值税税率统一设定为6%，而大规模纳税人增值税税率一般会根据企业的业务界定，分别为11%、17%或者13%。